È noto che l'area del Malawi era già abitata da ominidi due milioni di anni or sono. Sulle sponde del Lago Malawi sono stati rinvenuti i resti di più recenti insediamenti umani risalenti a circa 100.000 anni fa. I reperti indicano che questi ultimi appartenevano alla stessa popolazione che abitava gran parte di questa regione dell'Africa, gli antenati dei pigmei dell'Africa Centrale e dei san (o boscimani) dell'Africa meridionale, di cui oggi sopravvivono solamente gruppi isolati.
Circa 2000 anni fa, questi 'malawiani dell'età della pietra' iniziarono a essere messi sotto pressione da un'altra popolazione, i bantu, che stavano gradualmente migrando verso l'area. I bantu conoscevano il ferro e si dimostrarono superiori alla popolazione originaria sia nell'agricoltura sia nella guerra e infine divennero gli assoluti dominatori.
Nuove migrazioni portarono popolazioni bantu dalla regione del Congo al Malawi settentrionale attraverso la Tanzania, mentre nel sud, arrivarono gruppi dall'odierno Zaire e fondarono un regno che finì per dominare la parte meridionale del paese.
All'inizio del XIX secolo si ebbero altri due importanti flussi migratori. Gli yao, dal Mozambico occidentale, invasero gli altipiani del Malawi meridionale, uccidendo gli abitanti locali, più pacifici, oppure catturandoli per venderli come schiavi. Gli yao, che possedevano armi da fuoco fornite loro dai mercanti arabi della costa orientale, erano una delle molte tribù africane che rifornivano i mercanti di schiavi facendo incursioni nell'entroterra. All'incirca nello stesso periodo, da quello che è oggi il Sudafrica, gli zulu iniziarono a spostarsi verso il Malawi meridionale e in seguito si diffusero in tutto il paese, sopraffacendo molte tribù locali.
I primi europei ad arrivare nel Malawi furono gli esploratori portoghesi che raggiunsero l'entroterra africano passando dalla costa orientale dell'attuale Mozambico. L'esploratore europeo più famoso a raggiungere l'area fu David Livingstone, un missionario scozzese che compì il suo primo viaggio in Malawi intorno al 1850. Nonostante i cattivi rapporti con la popolazione indigena e la malaria, molti missionari scozzesi fondarono missioni e conventi nel Malawi, ma nella maggior parte dei casi morirono di febbre e ottennero pochissime conversioni tra gli africani.
Per quanto fossero stati scarsi i risultati da loro ottenuti, i missionari aprirono la strada ad avventurieri e mercanti di ogni risma che contribuirono a rendere il Malawi molto appetibile facendone una potenziale terra di conquista. La colonizzazione iniziò nel 1878 con l'arrivo della Livingstonia Central African Mission Company, una società scozzese il cui scopo era sviluppare una rete fluviale nell'Africa Centrale e introdurre il commercio. Il governo britannico dichiarò le Shire Highlands protettorato nel 1889 e ampliò le sue proprietà fino a includere gran parte del territorio sul lato occidentale del Lago Malawi, battezzando la colonia 'Nyasaland'.
Con l'espansione del controllo britannico, aumentò il numero di mercanti e stranieri nell'area e crebbe anche l'opposizione della popolazione locale alla colonizzazione. All'inizio del 1900, il reverendo John Chilembwe organizzò la prima vera azione contro l'occupazione inglese conducendo un attacco a una grande tenuta che si concluse con la morte del suo amministratore bianco. Le autorità coloniali schiacciarono la resistenza e non si ebbero altri importanti moti per l'indipendenza fino agli anni '50.
Gli Inglesi unirono il Nyasaland alla Federation of Northern and Southern Rhodesia (oggi Zambia e Zimbabwe), una mossa che aggravò il risentimento contro il governo coloniale. Dopo l'annuncio della nascita della federazione, nel 1944 si formò il Nyasaland African Congress, guidato dal dottor Hastings Banda. L'anno successivo, le autorità coloniali dichiararono lo stato d'emergenza, imprigionarono Banda e scatenarono la loro ira mietendo 52 vittime tra gli africani. L'opposizione tuttavia continuò, rafforzata dal rilascio di Banda nel 1960. Gli Inglesi presero accordi con Banda per le elezioni, che si tennero l'anno seguente e finirono con una schiacciante vittoria del leader nero e del suo partito (oggi chiamato Malawian Congress Party). Poco dopo, la federazione della Rhodesia e del Nyasaland fu sciolta e il Malawi dichiarò la sua indipendenza nel luglio del 1964.
Banda si dimostrò però un governante dispotico. Gli oppositori che non si rassegnavano al silenzio venivano mandati in esilio. Con i suoi affari, inoltre, Banda assunse il totale controllo dell'economia. Non pago, nel 1971 si dichiarò 'presidente a vita'. Gli stretti rapporti con il Sudafrica portarono alla costruzione della nuova capitale, Lilongwe (quella precedente era Blantyre), che fu terminata nel 1975.
Le prime elezioni dopo l'indipendenza si tennero nel 1978 e furono una farsa, poiché Banda esaminò personalmente tutti coloro che intendevano concorrere ed escluse il 90% dei candidati dopo averli sottoposti a un test d'inglese. Verso la fine degli anni '80, divenne sempre più chiaro che Banda era il Malawi, avendo egli nelle mani il sistema politico, il partito al governo e l'economia del paese. Un quotidiano calcolò che 250.000 persone erano scomparse o erano state uccise durante i trent'anni di regime di Banda. All'inizio degli anni '90, tuttavia, l'opposizione al governo totalitario di Banda crebbe, stimolata dalla fine della Guerra Fredda e dall'esaurirsi degli aiuti economici ai paesi satelliti dell'Occidente, come il Malawi. Banda fu costretto a fare approvare una nuova Costituzione che impone il limite dei due mandati presidenziali quinquennali.
Il momento più critico si ebbe nel 1992, quando i vescovi cattolici redassero una lettera pastorale di condanna nei confronti di Banda che portò a dimostrazioni in tutto il paese. Quando i paesi donatori annunciarono che avrebbero tagliato tutti gli aiuti non umanitari al Malawi fino a che Banda non avesse acconsentito a rinunciare al potere, per il presidente giunse la fine. Oltre l'80% degli elettori andò al voto nel referendum indetto nel 1993, esprimendosi in maggioranza a favore di un cambiamento. Nonostante una breve minaccia di golpe, l'anno successivo si tennero elezioni pluripartitiche.
Bakili Muluzi, un musulmano di Machinga, nel sud del paese, divenne il nuovo presidente. Muluzi fece immediatamente scarcerare i prigionieri, ristabilì la libertà di parola e di stampa e abolì il coprifuoco notturno che seppur non ufficiale era stato mantenuto durante tutto il regime di Banda. Banda fu processato nel 1995 per aver ordinato l'uccisione di tre ministri del governo, ma fu prosciolto e in seguitò si scusò pubblicamente per qualunque sofferenza egli potesse aver 'inconsapevolmente causato'.
Far funzionare una democrazia pluripartitica non è stato facile, specialmente con un'economia minata dall'inflazione e sottoposta a severe riforme, un altissimo tasso di disoccupazione, i problemi di malnutrizione della popolazione e l'aumento della criminalità. Tuttavia, nonostante i problemi del paese, Muluzi ha nuovamente ottenuto più del 50% dei voti nelle elezioni presidenziali del 1999.
La corruzione è diffusa negli alti ranghi governativi e militari e i giornalisti che la denunciano vengono fisicamente perseguitati. Il Programma per l'Alimentazione mondiale e la FAO hanno sollecitato l'invio di quattro milioni di tonnellate di cibo nel Malawi, nello Zimbabwe, nel Lesotho e nello Swaziland. La carenza di cibo è drammatica a partire dal giugno 2002 e potrebbe persistere fino al prossimo raccolto, nell'aprile del 2003. Due anni consecutivi di raccolti scarsi dovuti a calamità naturali, alla crisi economica, alla cattiva amministrazione (nel 2000 i vertici militari hanno messo in liquidazione 160.000 tonnellate di riserve di mais nonostante l'incipiente carestia), hanno provocato il peggiore disastro agricolo patito dall'Africa meridionale nell'ultimo decennio. Nella medesima area il tasso di infezione HIV è il più alto al mondo.
Nel luglio 2002 il Parlamento ha respinto un emendamento costituzionale che avrebbe dovuto garantire a Muluzi il terzo mandato consecutivo. Il presidente, dopo aver apparentemente accettato la propria sconfitta, ha ripresentato in ottobre il medesimo emendamento, iniziando tour elettorali nei quali gli uomini della sicurezza hanno distribuito soldi e cibo. Nonostante le manifestazioni di protesta siano vietate, in quello stesso ottobre è nata una nuova formazione politica, il Forum per la Difesa della Costituzione, cui hanno aderito anche tre parlamentari del partito di governo (United Democratic Party). E ancora, nel febbraio 2003, il Malawi Congress Party ha ribadito la propria ferma opposizione a qualsiasi emendamento che tenti di prolungare il mandato presidenziale oltre la scadenza del 2004.
Le elezioni del 2004 hanno visto l'ascesa, pur tra molte polemiche, di Bingu wa Mutharika. Tra i compiti più urgenti del neo eletto presidente, le riforme economiche per risollevare la debole economia del paese. Il suo potere sembra essere limitato da una dubbia libertà di manovra, da accuse di corruzione e dalle proteste di gran parte della società civile.